2006年12月20日，由农业部信息中心、中国互联网协会、中国电子商务协会共同主办，农博网独家承办的“推进农业信息化 建设社会主义新农村”高层论坛暨“2006中国农业网站100强颁奖盛典”在北京梅地亚中心盛大召开。敦煌种业首次参选，荣获百强网站。

综合网站获奖名单（12家）

 
网站名称网站域名
安徽农网http://www.ahnw.gov.cn
中国兴农网http://www.cnan.gov.cn
中国农商网http://www.agridoor.com.cn
中国新农村信息网http://www.xncxx.org
山东农业市场网http://www.ene.cn
中国农产品信息网http://www.cnagri.com.cn
中国乡村经济网http://www.xiangcun.com.cn
攀西农业网http://www.pxnyw.com
本溪农网http://www.bxnw.gov.cn
大马帮网http://www.damabang.com
昌图爱农网http://www.ain0410.com
驻马店农业信息网http://www.zmdagri.net

 
政府网站获奖名单（35家）

 
网站名称网站域名
北京农业信息网http://www.agri.ac.cn
河南农业信息网http://www.haagri.gov.cn
河北农业信息网http://www.heagri.gov.cn
上海农业网http://www.shac.gov.cn
天津农业信息网http://www.tjagri.gov.cn
吉林农网http://www.jlagri.gov.cn
山东农业信息网http://www.sdny.gov.cn
安徽农业信息网http://www.ahny.gov.cn
云南农业信息网http://www.ynagri.gov.cn
甘肃农业信息网http://www.gsny.gov.cn
重庆农业信息网http://www.cqagri.gov.cn
山西农业信息网http://www.sxagri.gov.cn
江西农业信息网http://www.jxagri.gov.cn
浙江农网http://www.zjnw.gov.cn
贵州农经网http://www.gznw.gov.cn
太行农网http://www.thnw.gov.cn
江南农网http://www.wxagri.cn
珠江源农网http://www.zynw.com
北国农网http://www.db-nw.com
新疆兴农网http://www.xjxnw.gov.cn
绿洲农网http://www.hnhbnw.gov.cn
宁波农经网http://www.cnluye.com
http://www.nbagri.gov.cn
哈尔滨农业信息网http://www.hrbnw.gov.cn
东莞农业信息网http://www.dgagri.gov.cn
农产品加工网http://www.csh.gov.cn
洛阳农业信息网http://www.lyagri-net.gov.cn
伊农网http://www.ycsagri.gov.cn
武汉农业信息网http://www.wuhanagri.gov.cn
承德农业信息网http://www.cd.heagri.gov.cn
嘉定农业信息网http://jd.shac.gov.cn
粤北农业信息网http://www.agrisg.com
浏阳农业信息网http://www.lyagri.gov.cn
许昌农业信息网http://www.xcagri.gov.cn
绍兴数字农业http://www.sxny.net
山东金农信息网http://www.sdjn.cn

 
行业网站获奖名单（32家）

 
网站名称网站域名
中国饲料工业信息网http://www.chinafeed.org.cn
中华名优土特产网http://www.myttc.cn
中国作物网http://www.cropchina.com
中华粮网http://www.cngrain.com
河南林业信息网http://www.hnly.gov.cn
中国食用菌商务网http://www.chinamushroom.net
中国种子网http://www.chineseseeds.com
中国大米网http://www.dami.cn
中国农资网http://www.ampcn.com
中国家禽业信息网http://www.poultryinfo.org
中国大豆网http://www.dadou.cn
中国水产贸易网http://www.fisherycn.com
中国农资采购网http://www.nzcg.com
中国谷物网http://www.ex-grain.cn
中国兽药信息网http://www.ivdc.gov.cn
云南糖网http://www.ynsugar.com
云南花卉http://www.yunnan-flower.org.cn
中华果都网http://www.chinadsh.com
南方渔网http://www.bbwfish.com
中国枣网http://www.zao.com.cn
中国肉牛经济信息网http://www.cceiw.com
海峡畜牧兽医网http://www.hxahv.com
茶叶在线http://www.21tea.com.cn
中国猕猴桃信息网http://www.zgmht.com
中国西瓜网http://www.nccn.cn
中国大蒜贸易网http://www.86garlic.com